Возрождение храма Живоначальной Троицы в Конькове началось с 1990-х годов. Группа верующих и деятельных людей образовавли православную общину и стали добиваться ее регистрации и хлопотать о передаче здания храма русской Православной Церкви. Члены "двадцатки" (зарегистрированной 4 апреля 1990 г.) обращались в различные организации, побывали на приемах у многих руководителей районных и городских властей, провели опрос жителей окружающих домов об их согласии на открытие православного храма. Большинство (70%) высказалось за его открытие.
28 февраля 1990 г. Черемушкинский райисполком г. Москвы принял решение о передаче здания церкви Живоначальной Троицы в Конькове православной общине. 24 декабря 1990 г. Мосгорисполком прекратил арендный договор с Институтом Физики Земли и принял постановление об освобождении им здания церкви. Ордер на занятие помещения был выдан 14 января 1991 г.
Начался нелегкий и кропотливый труд по восстановлению разрушенного храма и духовному становлению прихода.
Первым настоятелем храма был иерей Валентин из храма Иоанна Воина на Якиманке. Тогда же были избраны и первые органы управления общины.
С марта 1991 г. к настоятельским обязанностям по Указу Святейшего Патриарха Алексия II приступил протоиерей Георгий Красноложкин.
К первой после долгого перерыва Пасхальной службе 1991 г. храм был приведен в соответствие с церковными требованиями: была произведена очистка помещения от посторонних материалов и строительного мусора, установлен временный иконостас, приведен в порядок купол основного храма, приобретены необходимая церковная утварь, Священные книги, колокола для звонницы. И праздник Светлого Христова Воскресения показал, как велика тяга людей к Православию: сотни жителей района пришли помолиться в возобновляемый, еще носящий на себе раны безбожного прошлого храм. Богослужения возобновлены в апреле 1991 г. Главный престол освящен в 1991 г. иерейским чином во Имя Живоначальной Троицы. В 1996 г. устроен приставной престол во имя Преподобного Сергия Радонежского.
Весной 1992 г. при храме была создана воскресная школа. Это было продиктовано насущной необходимостью: храм расположен в густонаселенном районе, а люди десятилетиями были лишены слова о вере.
В 1994 г. храм Живоначальной Троицы в Конькове отметил свое 300-летие. В этом же году для храма на пожертвования прихожан был написан одним из священнослужителей г. Москвы образ прп. Сергия - святого, особо почитаемого с древних времен.
Были выделены средства для реставрации от Правительства Москвы.
К 1998 г. был восстановлен второй ярус колокольни и установлен на ней полный чин колоколов (самый большой колокол - 40 пудов). Установлены позолоченные кресты на основном храме, алтаре и колокольне. Начато возведение постоянного иконостаса. Изготовлен, установлен и освящен Поминальный Крест на территории храма и художественное оформление к нему - каменная плита в виде книги с выбитыми фамилиями воинов, погибших на фронтах Великой Отечественной войны, из деревень Коньково, Беляево и Деревлево.
В сентябре 1998 г. в храм Живоначальной Троицы в Конькове Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II был назначен настоятелем - иеромонах Максим (Рыжов). С этого времени, несмотря на прекращение финансовой помощи со стороны городских властей, строительные и реставрационные работы стали проводиться более интенсивно.
К весне 1999 г. был построен дом причта с трапезной,
канцелярией, подсобными и подвальными помещениями для
хранения церковной утвари. Дом отвечает всем требованиям
современного комфорта, к нему подведены городские коммуникации: электричество, холодная и горячая вода, центральное отопление и канализация, т.е. созданы все условия для работы и отдыха причта.
Вылечены местами зараженные грибком и оштукатурены заново своды и стены храма. В 2000 г. полностью выполнена побелка, обновлено убранство алтаря. Была заменена электрика и построена электрощитовая, установлены белокаменные детали четверика и шестерика храма. Крыша храма была полностью покрыта медью. Приобретены новые облачения для Престола и Жертвенника в алтаре и для священнослужителей.
Благоустраивается и прилегающая к храму территория. Устроена автостоянка для транспорта, заасфальтирована площадка для устроения столов при освящении куличей и пасх. Построена и оснащена сторожка, электрощитовая, заасфальтированы площадка перед входом, дорожки к дому причта и сторожке. Отремонтировано и оснащено всем необходимым помещение просфорни.
К 2004 г. полностью завершены фасадные и кровельные работы. Воссоздана белокаменная резьба, укреплены кресты, здание храма заново отштукатурено, отшпаклевано и окрашено, главы украшены золочеными подзорами. Выполнены фундамент и два крыльца из гранита с перилами, на храме установлены 20 м сливных медных труб. Над всеми входами установлены козырьки и выложены цветные мозаики. Эти духовные образы, выполненные в стиле древней Византийской мозаики, призваны подготовить входящего в храм к молитвенному общению с Богом. Образ Святой Живоначальной Троицы над главным входом первым встречает верующих. Днем и ночью теплится перед ним лампада, освещая Таинство благословения и принятия Жертвы, помогая передать особый, возвышенный и полный чистоты и покоя горний мир. Над боковыми входами расположены мозаичные изображения Небесного покровителя храма преподобного Сергия и святителя Филиппа, в честь которого существовал престол с правой стороны трапезной.
Осуществляется внешнее освещение храма, и он в любую погоду и время года производит яркое и праздничное впечатление.
Полностью обновлен интерьер храма: стены отштукатурены и окрашены, установлены иконы высокого иконостаса, ажурная резьба его колонн и киотов покрыта позолотой и теперь величественный шестиярусный иконостас предстает во всем своем великолепии. Московским иконописцем А.В. Вахрамеевым написаны новые иконы. Учитывая то, что размеры храма невелики, образа скомпонованы по четыре в резных инкрустированных деревянных киотах, увенчанных крестами. Вдоль стен установлены деревянные полированные панели. Сделан дубовый балкон для хора. В целом современное внутреннее убранство храма отличается необыкновенной гармонией и красотой, здесь "все свято, все действенно, врачует и спасает благодатью".
Успешное проведение работ по восстановлению храма и деятельность прихода были отмечены Священноначалием. Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II к Пасхе 2001 года настоятель храма иеромонах Максим возведен в сан игумена, а в 2004 году отмечен Орденом Святого Благоверного князя Даниила Московского III степени.
В храме совершается регулярное Богослужение, согласно
расписанию: утреня, часы и Литургия по будним дням; всенощное
бдение и две Литургии по воскресным дням и великим праздникам.
Ежедневно совершаются требы. Каждое воскресенье в 17 часов
служится вечерня с акафистом преподобному Сергию, Радонежскому чудотворцу. Пение акафиста общенародное.
Красота богослужений и воссоздаваемое благолепие привлекают сотни верных богомольцев. Число прихожан с каждым годом заметно возрастает, в праздничные дни храм уже не вмещает всех верующих.
Большое внимание уделяется духовному просвещению жителей района.
В воскресной школе в настоящее время обучается около 100 человек (одна взрослая и четыре детские группы).
Занятия ведутся по следующим дисциплинам: Богословские -Закон Божий, история Русской святости, церковно-славянский язык, основы Православной веры, церковное пение, православное искусство, патрология, литургика; художественные -бисероплетение, керамика.
Учащиеся воскресной школы принимают участие в ежегодных Пасхальных фестивалях Андреевского благочиния и в Московском Международном форуме "Одаренные дети", один из учеников дважды награжден дипломом лауреата форума в номинации "Юные богословы".
Забота о детях также является неотъемлемой частью жизни храма.
На протяжении нескольких лет воскресная школа сотрудничает со школой-интернатом для детей-инвалидов № 7, школой № 113 и домом ребенка № 9. Устраиваются совместные Рождественские и Пасхальные концерты. Воскресная школа контактирует с другими воскресными школами благочиния. При храме имеется стенд, посвященный деятельности воскресной школы. Школа финансируется за счет средств храма.
Прихожане храма проводят регулярные беседы катехизаторского характера в библиотеке, школах, детских садах и школах-интернатах. Священники проводят огласительные беседы с крещаемыми и регулярно крестят детей в Доме ребенка № 9, встречаются с учащимися школы-интерната для детей-инвалидов № 7. В школе-интернате ведется преподавание Закона Божия, проводятся внеклассные беседы и разучиваются молитвы. У храма имеется интернет-страничка, куда поступают вопросы от людей разных национальностей из многих стран. Настоятель храма игумен Максим регулярно на них отвечает.
При храме работает библиотека духовной литературы, фонды которой насчитывают около 10 тысяч томов. Библиотека работает три дня в неделю с 12.00 до 17.00. Постоянно записанных читателей более 720, и количество их растет, кроме того, ознакомиться с православной литературой в библиотеку приходят многие посетители. Запись производится по предъявлению паспорта. Книги выдаются на дом.
Священник храма духовно окормляет заключенных СИЗО № 5.
Приход регулярно оказывает помощь бездомным, инвалидам, многодетным семьям, одиноким старикам и другим нуждающимся одеждой, обувью, продуктами питания. В ведении завхоза имеется специальное помещение для хранения и выдачи этих предметов.
Приход храма также оказывает материальную помощь другим храмам и монастырям.

Построен комплекс приходских строений с приписным Крестильным храмом в честь Богоявления Господня.